Какая должна быть файловая система на флешке

Фаловая система на флэшке (если создавалась MediaCreationTool) должна быть FAT 32.
Сторонние утилиты на этом ресурсе не обсуждаются.
ISO-образ Майкрософт рекомендует использовать для записи на DVD-диск.

Здесь требуется уточнение. Флешку нужно отформатировать в FAT32 для современных устройств с UEFI, который по умолчанию поддерживает FAT32 с GPT-разделов. У старых устройств с BIOS нет поддержки GPT разметки, требуется создание MBR, поэтому загрузочную флешку нужно отформатировать в NTFS с тем, чтобы на жесткаче, куда устанавливается Windows, получить загрузочную таблицу MBR.

У меня материнка MSI A88X-G41 PC Mate BIOS 17.9, я отформатировал  в NTFS, но MediaCreationTool сделал FAT 32 !

Здесь требуется уточнение. Флешку нужно отформатировать в FAT32 для современных устройств с UEFI, который по умолчанию поддерживает FAT32 с GPT-разделов. У старых устройств с BIOS нет поддержки GPT разметки, требуется создание MBR, поэтому загрузочную флешку нужно отформатировать в NTFS с тем, чтобы на жесткаче, куда устанавливается Windows, получить загрузочную таблицу MBR.
Дело не в создании разделов, не в MBR и GPT, а в том что размер установочных файлов может превысить 4 гб, тогда невозможно будет создать загрузочную флэшку FAT32.  Как правило загрузочная флэшка созданная MediaCreationTool весит менее 4 гб.

Это так, в смысле размера. Я читал в подробных инструкциях по установке, что установка с флешки файловой системой FAT32 приводит к созданию на жесткаче загрузочной таблицы GPT, а с флешки NTFS - таблица MBR. Чего утверждать или отрицать не могу, так как с флешки не работаю.

У меня материнка MSI A88X-G41 PC Mate BIOS 17.9, я отформатировал  в NTFS, но MediaCreationTool сделал FAT 32 !
А в чем корень проблемы? MSI A88X-G41 PC Mate есть USB-3.0, из того заключаю, что вполне себе современная. Она должна поддерживать загрузку с жестких дисков с разметкой GPT. Правда, по описанию спецификации это не ясно. И в обзорах сторонних сайтов тоже.
Не обязательно же создавать установочный носитель на флешке, на DVD почему не устраивает? Суть в том, что по правилам форума я не могу рекомендовать сторонние программы для создания загрузочной флешки в NTFS. Поищите в интернете.
Вообще то, можно отформатировать флешку в NTFS, сделать ее загрузочным с командной строки, потом распаковать ISO и содержимое вставить на флешку. Но лично этого не делал, довольствуюсь установочным DVD-диском, потому не рискую привести пошаговую инструкцию.

Разделы создаются и форматируются утилитой, которая есть в установочном носителе как встроенное ПО в автоматическом или ручном режиме до начала установки. Структура разделов упирается в то, какай включен режим BIOS. С флешки NTFS проблематично установить Windows на GPT-диск.

Ну да. MSI A88X-G41 - там новый биос, предположительно 2014 года выпуска, и режимы включения должны присутствовать. Вот у меня точно нет, так как биос 2007 года и GPTразметку он не поймет, ему подавай MBR. Вот для таких старых ПК и был мой пост ранее. Так что пользователь v025604 напрасно беспокоится. Ему и не надо флешку форматировать в NTFS. Достаточно созданного носителя с помощью Mct.

По-моему, всем этой флешки достаточно и не надо никому беспокоиться. Mct - это официальная утилита Майкрософт.

Может быть достаточно применительно к Mct. Попробую, будет случай. Для сторонних утилит в инструкции обращается внимание в какой файловой системе создать загрузочную флешку.