Почему файл медленно копируется на флешку

Дело в куче мелких файлов и флешки)) это нормально

потому что с каждым файлом изменяется и перезаписывается таблица содержащая структуру файлов на диске

Зависит от используемой файловой системы, но если вы регулярно пользуетесь этой флешкой и переносите такое количество файлов, то не исключено, что у вас сильно разрослась MFT.

Попробуйте вот что: сначала скопируйте всё содержимое на жёсткий диск, а потом либо отформатируйте флешку, либо вообще (чтобы наверняка) прогоните тест записи программой наподобие Р.тестер.

Достаточно будет затереть первые 10% от объёма, но можете сделать и полный тест - графики детальные, если есть провалы, то вы чётко их увидите. Затем отформатируйте флешку и посмотрите изменится ли скорость.

Также для копирования попробуйте вот эту программу, на жёстких дисках она сильно ускоряет процесс: https://portableapps.com/apps/utilities/fastcopy-p...

Обе программы бесплатные и не требуют установки.

Нужно обратно поставить NTFS

Твоя флешка определяется как usb1.1! Иногда Windows не удается распознать USB-устройство, и для него нет диска с драйвером. В этом случае можно попробовать найти драйвер устройства в сети. Следует начать с веб-сайта изготовителя устройства; часто нужные драйверы можно загрузить в разделе поддержки этого сайта. Дополнительные сведения см. в разделе Обновление драйвера для оборудования, которое работает неправильно.

Есть разные факторы влияющие на этот процесс - производительность флешки, USB-порты компьютера, слабая аппаратная начинка компьютера, драйверы, настройки BIOS...

У Вас вредоносное что-то в системе.
Поставьте антивирус хороший. Лучше всего этот скачать:
comp-edit.ru/best-antivirus/
Проверьте им на вирусы весь компьютер, и больше подобных трудностей не будет.